Деятельность НЭС осуществляется по следующим основным направлениям:

научно-консультативная поддержка Председателя и секретариата Морской коллегии, ее межведомственных комиссий  при подготовке и реализации их решений;

выработка предложений о приоритетах в развитии морской деятельности Российской Федерации, выявление перспективных научных и практических направлений деятельности для первоочередной государственной поддержки;

экспертная оценка отдельных, имеющих сложный комплексный научно-технический характер концепций, программ, социально-экономических, научно-технических и инвестиционных проектов, планов и иных мероприятий (далее - программ и проектов), предлагаемых федеральными органами исполнительной власти (далее - ФОИВ), администрациями приморских регионов, органами местного самоуправления береговых муниципальных образований и организациями, участвующими в реализации морской деятельности, на соответствие их целям и направлениям национальной морской политики, определенными Морской доктриной Российской Федерации на период до 2020 года;

подготовка на основании результатов рассмотрения и экспертиз обоснованных рекомендаций по:

координации деятельности ФОИВ, их научно-исследовательских учреждений (далее – НИУ), других участников реализации Морской доктрины,

корректировке мероприятий, проводимых по решению Морской коллегии, и обеспечению рационального использования ресурсов, выделяемых на их реализацию,

обеспечению высокого научно-технического уровня исследований и работ в сфере морской деятельности,

нормативно-правовому, научно-методическому и технологическому обеспечению реализации морской политики Российской Федерации, и повышению комплексности и эффективности реализации соответствующих мероприятий;

содействие и участие в организации пропаганды научно-технических разработок и исследований, осуществляемых ФОИВ, участвующими в деятельности Морской коллегии, в научных и научно-популярных изданиях, на выставках, симпозиумах и конференциях;

подготовка рекомендаций Морской коллегии по повышению эффективности международного сотрудничества Российской Федерации в области научного обеспечения морской деятельности.

Основными задачами НЭС являются:

анализ по поручениям Морской коллегии, ее Председателя и ответственного секретаря программ, планов по реализации Морской доктрины и ведомственных концептуальных документов по морской политике, сводных отчетов о выполнении этих программ и планов, а также отдельных крупных мероприятий,

разработка на основе экспертных заключений научно обоснованных рекомендаций Морской коллегии, направленных на корректировку мероприятий, успешную реализацию проектов, подготовка предложений по определению приоритетов развития морской деятельности Российской Федерации.